SAKUGAN trata-se de uma menina chamada Memempu trabalha com seu pai na mineração de recursos em uma colônia subterrânea chamada “Pinyin”. Memempu quer se tornar uma “Marker” e mapear o resto do “labirinto” misterioso, mas seu pai, Gagumber, sente que ela é muito jovem para começar se aventurar sozinha pelo mundo. No entanto, depois que seus amigos morrem tentando proteger a colônia dos ataques de Kaijus, Gagumber percebe que não pode parar o espírito aventureiro de sua filha e está decidido a viajar com ela pelas vastas áreas desconhecidas do “Labirinto”.